جمهوری اسلامی ایران قویاً انتظار دارد که آژانس بین المللی انرژی اتمی، شفاف و بی قید و شرط این اقدام تروریستی را محکوم نماید. آژانس باید از ترور دانشمندان هسته ای و خرابکاری در تأسیسات صلح آمیز هسته ای یکی از اعضای معاهده عدم اشاعه سلاح های هسته ای و آژانس بین المللی انرژی اتمی تبری بجوید.

نماینده دائم کشورمان نزد سازمان‌های بین‌المللی مستقر در وین از همه کشورها و نهادهای بین‌المللی خواست ترور شهید فخری‌زاده را محکوم کنند.

سخنگوی دولت گفت: وزارت اطلاعات اشخاص مرتبط با ترور شهید فخری‌زاده را شناسایی کرده و همه ابعاد در حال بررسی است و زمانی که قطعی شود، واکنش متقابل طراحی خواهد شد.

ادعای روزنامه کویتی الجریده در خصوص نقش پهپادهای اسرائیلی در ترور شهید فخری‌زاده تکذیب شد.

پیام‌های محکومیت از سوی دو دولت امارات متحده عربی و بحرین در این رابطه جای سوال و تعجب داشت، چه، این دو کشور با برقراری رابطه با رژیم صهیونیستی عملا زمینه‌ساز حضور اطلاعاتی این رژیم در منطقه و زمینه‌ساز اقداماتی از این دست شدند و باید پاسخگو باشند.

رسانه‌های وابسته به رژیم سعودی و شبکه‌های اجتماعی وابسته به مرکز اعتدال عربستان پس از ماجرای ترور شهید محسن فخری‌زاده دانشمند هسته‌ای ایران به دنبال فضاسازی و عملیات روانی به منظور تحریک افکار عمومی بوده و شایعاتی را منتشر کرده‌اند.

انجمن دفاع از قربانیان تروریسم بیانیه‌ای در محکومیت ترور دکتر محسن فخری‌زاده منتشر کرد.

سفیر و نماینده دائم کشورمان نزد سازمان های بین المللی در وین، با ارسال نامه ای به مدیرکل دفتر سازمان ملل در وین و مدیر اجرایی دفتر مقابله با جرم و موادمخدر ملل متحد، ضمن محکومیت شدید ترور شهید فخری زاده، خواهان محکومیت این اقدام تروریستی و غیر انسانی از سوی وی گردید.

رسانه‌های ضدانقلاب پس از ترور شهید فخری‌زاده حالا به سراغ ترور خانواده وی در فضای مجازی رفتند.